清代诸罗县志则叙述阿里山为「离县治十里许，山广而深峻…」未明确指出阿里山之名。另根据日本人安倍明义的著作《台湾地名研究》书中认为诸罗平埔族人与凤山平埔族人的语音相近，凤山平埔族称阿里山区的生番为「Karii」，流传到诸罗平埔族便以「Arii」同音讹传称呼之。
1899年2月，嘉义办务署石田常平氏依山胞传闻，查访发现阿里山桧木原始森林。
1900年6月12日，日本政府派小西成章、小笠原富二郎、小池三九郎及石田常平等人展开调查阿里山森林，据调查约有30万株的原始桧木林遍及整个阿里山区，从此开启阿里山天然森林资源的滥觞。
1906年11月，小笠原富二郎发现包括今之阿里山神木的神木群。
1945年9月，第二次世界大战结束，10月25日台湾光复，日本归还台湾，阿里山事业区持续三十余年的伐木工作，其天然的红桧、扁柏等珍贵树种几已被砍伐殆尽。
1963年，为保护天然资源，林务局将阿里山、玉山一带39600余公顷的国有林地，编为「阿里山森林游乐区」并拟定计画逐年编列预算整建及维护。
1975年，台湾省政府将「阿里山风景特定区」更名为「阿里山森林游乐区」。
1976年3月1日，行政院核定「阿里山森林游乐区计画」面积175公顷。同年11月9日阿里山发生森林火灾，将沼平火车站前的店铺、民居、旅社等大部分烧毁，火灾迹地的旧社区，依照阿里山森林游乐区核定计画改为「自然公园」（即今之梅园），并广植花木、辟建步道供大众游憩。灾民并依阿里山整建计画，搬迁至第四分道（即今之中正村商店旅社区、中山村住宅区等），由林务局兴建商店、旅社、住宅，再依阿里山搬迁整建计画规定，办理租用予以安置，林务局员工则分配于香林村之宿舍。
1995年台湾省政府核定「阿里山森林游乐区计画」，面积1400公顷，由林务局嘉义林区管理处负责经营、管理、服务工作。
1999年林务局改隶农委会为中央机关，仍负责阿里山森林游乐区之经营管理、规划建设及游客服务工作，但名称改为「阿里山国家森林游乐区」。
2001年7月阿里山国家森林游乐区纳入阿里山国家风景特定区（台湾第八座）计画范围。
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