东阿置邑，始见《春秋》，名柯；原属卫国，后属齐国。战国改称阿，仍隶齐国。秦始称东阿，属东郡。旧志称：“东阿，古之名邑也，会盟征战，废垒遗墟，见于经史者不一而足。”
汉置东阿县，属东郡。三国时期为魏地，隶属同汉。西晋属济北国，东晋改国为郡，东阿属之。南北朝时期，因南北分裂，政权迭易，457年东阿并入谷城县。
后魏，恢复东阿县；北齐省谷城，入东阿，属济州。隋朝，东阿属兖州济北郡。621年（唐武德四年），属济州，隶河南道。742年（天宝元年）更州为郡，隶济阳郡，同年恢复谷城县；754年改属郓州东平郡；766年（大历元年），郓州改为淄青道，东阿属之；819年，郓州属天平郡，东阿随之改隶。五代十国时期，东阿属郓州天平节度使。宋初，属京东路；1041年（庆历元年）置西路安抚使，东阿随郡改隶；1115年郡升为大都督府，1127年改为东平府，东阿均属之。金代，隶山东西路东平府。元初，隶东平路。1272年，东平改为下路总管府，司六县，东阿属之。明初属于东平府，1375年（洪武八年）隶济宁府东平州，1385年改属兖州，隶山东布政使司。清初，属兖州府东平州；1735年（雍正十三年）改属泰安府。
1912年（民国元年），东阿隶山东东临道，1928年废道直隶山东省府，1936年隶山东省第六督察专员公署。1940年县人民政权建立后，隶鲁西行署运东专署（第四专署）；1941年7月，鲁西行署和冀鲁豫行署合并，成立冀鲁豫行署，下辖7个专署，东阿隶第四专署；1942年12月，冀鲁豫行署一、四专署合并为一专署，东阿属之。1945年8月，日军投降后，隶冀鲁豫行署第六专署。1949年8月，隶平原省聊城行政督察专员公署。
1952年11月平原省撤消，东阿随聊城专署该隶山东省。1958年12月，东阿建制撤消，各公社分别并入寿长、茌平两县；1961年7月恢复东阿县，其隶属未变。1967年专区改为地区，东阿属山东省聊城地区行政公署。
境域沿变 东阿始置县时，县治在今阳谷县境内，其管辖境含阳谷县大部分。东以济水为界，与谷城县相分；东南及南部为须昌、寿良地，西南及西部为今莘县、聊城，北及东北为茌平、临邑县地。
南北朝时期，东阿、谷城两县曾出现合分、分合局面。刘宋孝武大明元年，东阿并入谷城；后魏，恢复东阿县；北齐，谷城并入东阿。此后，谷城县不复存在，县城亦随之废弃。东阿境域扩大。东及东南遂与肥城、东平相连。
隋朝置阳谷县，东阿西南部划出属之。《续山东考古录》载有“隋置阳谷县，约得汉东阿地十之六、七”及“阳谷县，后魏东阿地”的记述。《阳谷县志》也有明确记载：“城东五十里有阿井，此井旧属阿邑，今并属阳谷县。”
北宋太平兴国后，因黄河冲积，北部邻边县卢县（今铜城西部）废，部分划归东阿。铜城镇自宋为东阿地。
明初，县治迁至东阿镇（今属平阴县）。时县境南北长50公里，东西宽32.5公里；东至平阴县界7.5公里，西至阳谷县界25公里，南至东平州界17.5公里，北至茌平县界30公里。
清代，境域略有变动，县境南北长45公里，东西宽27.5公里。县城至边界县距离，除西至阳谷县界缩短5公里外，其余与明代同；东北至平阴县界7.5公里，东南至东平县界15公里，西南至寿张县界30公里，西北至聊城县界22.5公里。
民国初期，境域与清同。1932年，东阿与阳谷邻界的部分村庄作了调整。抗日战争和解放战争时期，为适应对敌斗争的需要，东阿周边地区曾归属平阿、张秋、徐翼、河西等县。1947年冬，县机关迁驻铜城。
1949年8月，东阿境域界定。原属东阿黄河以东村镇及西南张秋一带划出，原属平阴、聊城的部分地域并入东阿，茌平与东阿交错为邻的村庄，以赵牛河为界北归茌平、南属东阿。
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