芒康县属高原温带半湿润季风气候区，踌越寒、温和亚热三种带，夏季气候温和湿润，冬季气候寒冷干燥，昼夜温差大。气候特点：日照充足，太阳辐射较强烈。
平均气温较低，南热北冷，旱季、雨季分明，降水量较少，全年平均日照时数为2534.5小时，日平均气温16.1度，县城嘎托镇（海拔 3780米）多年降水量仅为557.7mm ，每年5月—10月为雨季，11月—4月为枯季。其径流来源，枯季主要为融雪和地下水补给，雨季主要由降雨补给。6—9月份降雨量约占全年降雨量的80％以上，最枯流量一般出现在1—2月份。多年平均水面蒸发量1621,4mm（20cm蒸发器测定）,年平均气温为3.2℃，无霜期90天左右,降雪期为56.6天，年平均相对湿度为60.4％。最大冻土浓度为51cm，覆雪约5mm，最大覆冰约8mm 。
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